Dipende dal tipo di foto che pensi farai più spesso... non conosco bene gli ultimi modelli (io uso una vecchia canon eos 10D) ma in generale le nikon montano sensori che tendono a colori "più freddi e più contrastati" (perdonate le definizioni inadatte) ottimi per fare ritratti e foto subacquee (quindi anche acquari specialmente marini) mentre le canon tendono a colori più caldi e morbidi, più adatti alla fotografia naturalistica..
In ogni caso consiglierei canon perché oltre ad avere obiettivi più facili da trovare è anche più versatile dal punto di vista dei colori (poi ovviamente va a gusto personale...)
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