leggi qui che fai prima ed è sicuramente spiegato meglio di come te lo spiegherei io:
http://www.acquariofilia.biz/showthread.php?t=152678
è una delle cose fondamentali dell'acquariofilia.
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comquneu dovresti mettere i pesci in una vasca temporanea per un mesetto, basta una vasca in plastica delle giuste dimensioni riempita con metà acqua di nuova e metà dell'acquario + il vecchio filtro, ogni giorno cambia il 50% di acqua, appena il filtro nuovo sarà maturo, puoi rimettere i pesci in acquario.