Ciao, probabilmente le alghe di cui parli sono le alghe verdi filamentose, oppure potrebbero essere delle alghe a barba se sono nere , se ci mandi una foto possiamo darti la conferma, intanto ti consiglio questo link dove si parla dei vari tipi di alghe in acquario --->
http://www.acquaportal.it/_ARCHIVIO/...I-2/alghe-.asp
P.S. L'acquario è completamente illuminato dalla luce del sole ? Avresti la possibilità di limitare una parte della luce che lo colpisce?