12 led*3V=36V
Da datasheet non noto il dropout del driver (caduta sul driver) però noto che la Vin va da 9 a 56V e la Vout da 2 a 52V, mi viene da pensare che servono almeno 4V di differenza tra in e out, se tu alimenti con un 39V sicuramente fai lavorare tutto al limite e in questi casi gli switching lavorano più di condensatore che può innescare il fischio, quelli ceramici in particolare.
Prova ad alimentare solo 6 led, se non fischia più aumenta i led uno alla volta o prendi un alimentatore a 48V
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