[babaferu]

la patina marrone in un acquario avviato da qualche mese è normale, ma poi dovrebbe sparire da sola.
dal filtro non dipende (non so che filtro hai, ma è giusto non pulirlo: si sciacqua/cambia solo la lana di perlon ed eventuali spugne, si puliscono eventuali tubi, ma non si toccano i cannolicchi).
le luci potrebbero essere, così come l'alimentazione dei pesci (eccessiva favorisce le alghe) e la fertilizzazione, o una cattiva salute delle piante (x scarsa illuminaz o fertilizzaz sbagliata o eccessiva) che non assorbono i nutrimenti e li lasciano liberi x le alghe.
non so com'è il tuo acquario ed alcuni fattori, come la luce, non sono in grado di valutarli bene, ma x il momento potresti aggiungere una pianta a crescita rapida che si succhia un po' eventuali eccessi di nutrimenti in vasca e diminuire la fertilizzazione, se la usi.
posta le info sulla luce che hai e sul fotoperiodo, così altri/e possono consigliarti su quello (alcune piante, come le anubias, fanno le alghe se prendono troppa luce, altre se ne prendono troppo poca).