[dave81]

io il fondo non lo toccherei, se è maturo è pieno di batteri utili, mi viene da consigliarti la cosa più semplice e veloce, così puoi salvare le piante e rimettere al più presto i pesci nel loro acquario
IMHO le piante non le devi perdere nè lasciar morire, anzi forse devi investire maggiormente su di loro, per combattere le alghe. metti più piante a crescita rapida, piantuma di più
sciacquare il fondo con acqua non servirebbe a niente, per "uccidere" le alghe l'acqua non basta, servirebbe altro, dovresti "sterilizzare" praticamente ogni cosa..