[Fra91]

Si, a livello teorico l'acqua di rubinetto, che viene poi miscelata con l'osmosi, dovrebbe attraversare i primi due stadi.
Per la questione lavaggio membrana è probabile che il meccanisco sia già di suo un restrittore. Il quale in condizioni normali permette il flusso di una certa quantità d'acqua, in modo tale da mantenere una pressione nel vessel, nel momento in cui tale dispositivo viene azzionato viene aperto il dispositivo e l'acqua esce con molta velocità, in questa maniera porta via con se eventuali residui depositati sulla parete esterna della membrana..

Per la rimessa in opera ti consiglio di sostituire membrane, filtro a sedimenti e carbone, poi sistemi per bene il tubo che porta l'acqua di rubinetto*, poi invece di mettere un altro meccanismo elettronico metti un T con un rubinetto prima della valvola di non ritorno dell'osmosi e da li prendi l'osmosi necessaria per il tuo acquario.
* io il tubo che porta l'acqua di rubinetto, al rubinetto lo inserirei pra la pompa booster e l'ultimo prefilto.