È incorretto parlare di femmine "neutre" geneticamente perchè da che mondo è mondo, essendo organismi con riproduzione sessuale, sia la madre che il padre trasferiscono alla prole il 50% del proprio corredo cromosomico (dunque non è solo il padre che fa i figli da questo punto di vista).
La spiegazione del fenomeno per cui in base al maschio che si accoppia con la femmina la prole (maschile) risulterà come il padre, è forse dovuta al fatto che dicevo prima. In due parole, i geni responsabili della colorazione maschile sono tramandati di padre in figlio perchè Y-linked, cioè legati al cromosoma Y (presente solo nei maschi).
La femmina forse contribuisce in minima parte solo alle variazioni dei patterns fenotipici.
Spero di aver chiarito il concetto
P.s. : nei guppy selezionati, invece, anche le femmine contribuiscono nel determinare la colorazione perchè in molti ceppi selezionati alcuni geni responsabili di alcuni pattern (tipo l'half black) sono X- linked. Le femmine di half black contribuiscono cioè a determinare il mezzo corpo nero caratteristico di questo ceppo.