Io ho riallestito proprio oggi la mia vasca e ieri sera avevo fatto praticamente la stessa domanda e questo è stato il responso (nella speranza di aver capito bene): i batteri si accumulano non tanto nell'acqua, quanto sulle superfici degli arredi, quindi se vuoi riallestire la vasca ti conviene mantenere (anche temporaneamente) i vecchi arredi tipo rocce, legni ecc...importante però mantenere il filtro in acqua, se hai un filtro esterno puoi chiuderlo e riaprirlo a fine allestimento; se è aperto mettilo in un contenitore con l'acqua dell'acquario...
Per quanto riguarda i pesci la cosa migliore sarebbe tenerli in un'altra vaschetta con il riscaldatore (va bene anche la vasca in cui mettere il filtro) e poi puoi rimetterli in vasca, ovviamente si stressano ma sopravvivono...

in ogni caso è ovvio che più aspetti prima di inserire i pesci meglio è...se puoi tenerli altrove per un po di giorni è meglio, almeno per monitorare i nitriti...
