Probabilmente avrai NO3 e PO4 nel fondo in quantità tali da permettere alle piante di crescere (hai solo piante che radicano nel fondo ?).
Sinceramente non ho mai approfondito il discorso riguardo i ciano batteri, questa presenza nel fondo potrebbe anche esserne la causa
Non ricordo se ti ho già dato il consiglio ma sarebbe una buona idea prelevare acqua, con una siringona da 60 - 100 ml, direttamente sul pelo del fondo ed ad 1 - 2 cm sotto il fondo e fare tutti i test (almeno NO3, PO4 ed Fe)