Ma le piante ti ostruiscono fisicamente la griglia del filtro, stando a contatto con essa, o rallentano solo il movimento dell'acqua in superficie? Se è la seconda non è un problema.
Se invece non passa abbastanza acqua nel filtro (per esempio otturazione della griglia o lana/spugne sature di sporcizia) te ne accorgi subito perchè la pompa inizia a pescare aria, facendo bolle in acqua ed un baccano infernale........ altrimenti, nessun problema.
Comunque,per inciso, un filtro biologico lavora meglio a bassi regimi (il contrario, invece, per un filtro meccanico.....).
Scusa una cosa, ma non riesco a capire bene dalla foto: la tua Limnophila heterophylla, è così:
http://membres.lycos.fr/dfendel/aqua...Limnophila.JPG
o così ? :
http://planta.aquariana.cz/foto/Cerato_thal_01.JPG