Nel fondo si annidano una buona parte dei batteri presenti in vasca quindi è sempre un rischio sostituirlo.
La cosa resta fattibile a patto che tu riesca a recuperare quanta più acqua possibile e che le colonie batteriche del filtro non subiscano danni.
QUI trovi un ottimo articolo di scriptors che potrà esserti molto utile.
Sarebbe meglio fare tutto in tempi molto brevi:
- sposti il tutto in secchi e bacinelle
- tieni il filtro in funzione collegandolo ad uno dei contenitori
- dai un paio di mani di pittura alla parete dove andrà la vasca
- riallestisci e copri con un telo la vasca.
In questo modo crei poco stress a pesci e batteri e puoi dedicarti con calma ad imbiancare il resto della stanza.
Nei giorni successivi al riallestimento è meglio tenere nitriti e nitrati sotto controllo con gli appositi test.
Comunque nel link che ti ho indicato trovi tutto quello che ti serve.
Dopo qualche settimana e se la situazione è sotto controllo, è meglio aumentare il numero di corydoras portandoli a 5 - 6 totali.