Purtroppo non conosco così bene i percolatori.........di sicuro ti dico che i batteri resistono diverse ore anche in un filtro fermo, certo non tutti, ma le colonie più giovani si.
Non credo vada cercato il pelo nell'uovo a favore di questo o quell'altro, e nemmeno che ci sia un sistema migliore in assoluto, tutto andrebbe vagliato seguendo le proprie esigenze/progetti.
Vado un attimo OT per fare un esempio......la semplicità e praticità del "vecchio", quando si va ad allestire una vasca particolare:
http://www.acquariofilia.biz/showthread.php?t=400070