Il problema dei nitrati è proprio legato all'utilizzo del filtro biologico, togli cannolicchi e lana di vetro (tieni al max resine e carboni all'occorrenza) e lascia che le rocce vive svolgano la loro funzione, vedrai sicuramente miglioramenti, i batteri presenti nelle rocce vive chiudono da soli il ciclo di azoto. Dovresti farti dire i valori di no2 e no3.
Ti aggiungo un link ad un bel approfondimento:
http://www.acquariofilia.biz/showthread.php?t=290773