Ciao io ho il tuo stesso acquario e l'ho allestito come vorresti fare tu, solo pesci da branco o poco più e moltissime piante. Il filtro in acquari del genere "serve a poco" perchè l'enorme massa vegetale attua una filtrazione più che sufficiente rispetto all'esiguo carico organico dei pesci.
Io ho lasciato il filtro interno per questioni di spazio e mi trovo benissimo, ma se ormai hai comprato l'esterno tanto vale montarlo così guadagni un pò di spazio in più.
Se ti può essere d'aiuto questa è la discussione in cui descrivo l'allestimento del mio:
http://www.acquariofilia.biz/showthread.php?t=279281