Come dice Daniele dipende tutto dalla quantità e dal tempo durante il quale entrano in contatto.
Io la sabbia sotto il mm la eviterei se possibile. Per i cory meglio una sabbia che arrivi fino a 1,2-1,3mm o una ghiaia 1-3mm ben arrotondata. La sabbia troppo fine sul fondo fertile rischia di creare zone anossiche.
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Boh . per quanto ne sappiamo quel fondo fertile potrebbe ormai essere inutile da tempo, sempre che sia fertile. Potrebbe anche essereun fondo unico... Non saprei.
Io butterei tutti e due i fondi e ricomincerà da 0 con un buon fondo fertilecoperto dalla ggiusta ghiaia o anche solo la ghiaia se il fondo fertile si rivelasse inutile per le tue piante.

In che quantita dovrei ricomprare? La vasca è una 60*40*30

Potresti fare un paio di centimetri di fondo fertile Dennerle Deponit Mix Pro e sopra tre centimetri di questa sabbia:
http://www.aquariumline.com/catalog/...mm-p-5634.html

Per i quantitativi non so di preciso.

Non potrei risolvere semplicemente ricoprendo la ghiaia con della sabbia? ( e lasciando il fondo "fertile" al di sotto?)

Hai un fondo fertile di provenienza e qualità dubbia con sopra dei sassetti.
Se metti della sabbia che è più fine, ora o con il tempo finisc sotto i sassetti e il fondo fertile che ha grana più grande. Io fossi in te ripartirei da zero e allestirei solo dopo aver pianificato tutto al meglio, compresi arredi, piante, pesci a tipo di acqua necessari.

Poi vedi tu.

Oddio che lavoraccio

Comunque grazie a tutti. Ho deciso di svuotare la vasca e ricominciare da 0. Avevo pensato ad una sabbia da circa 2 mm O anche meno.. Ma che colore prenderla? Ah e naturalmente il substrato per le piante rigorosamente nuovo

Sabbia marrone naturale, se vedi i prodotti che ti ho consigliato prima, sono ottimi.

La maggior parte dei pesci vive meglio con un ghiaino scuro che gli da meno fastidio perché riflette meno al luce e anche in fatto estetico quando si sporca non si nota molto come invece si noterà moltissimo con un ghiaino bianco

Come piante sceglile da qui:
http://www.acquariofilia.biz/showthread.php?t=433996

Pesci prenderei i platy e corydoras aeneus.