Il denitratore necessità di una perfetto regolazione nel flusso di acqua immessa al suo interno ed una corretta maturazione.

Qualora il potenziale redox del denitratore scenda troppo causa un ristagno d'acqua che causa la formazione di anidride solforosa o acido solfidrico.

Ci sono anche alcune condizioni particolari che portano al formarsi di nitriti o adirittura ammoniaca.
Tutte sostanze estremamente nocive per l'acquario.

Ci vuole particolare attenzione e cura nell'utilizzo del denitratore. E non tutti sono cosi performanti.