Se c'è ancora qualche pesciotto vivo, devi procedere facendo frequentissimi cambi parziali, altrimentiil picco dei nitriti te li accoppa intorno al 15° giorno di maturazione.
Se invece non hai più pesci o caridine vive, accendi il filtro e lo lasci in vasca per 30 giorni, aggiungendo solo un pò dicibo per pesci per dare nutrimento ai batteri. Dopo i canonici 30 giorn, potrai ripopolare la vasca con esseri viventi.

Le piante puoi metterle da subito. Per molte piante che necessitano concimazione puoi ovviare alfondo fertile mettendo il fertilizzante in pasticche nei pressi delle radici. Controlla anche di avere abbastanza luce: se metti piante che necessitano tanta luce e il tuo impianto non è sufficiente, le vedrai deperire piano piano...

Tronchi o sassi non fa la differenza. Tutto sta a te e al tuo gusto di arredo!

Per quanto riguarda il fondo, se il tuo lo prendi da un acquario in funzione da 12 anni è un conto, ma se invece è stato all'asciutto ormai i batteri non ci sono più! :P

Per accelerare la maturazione puoi usare gli attivatori batterici, ma iopreferisco aspettare un pò di più (risparmando anche il costo degli attivatori) ed avere una colonia bella resistente!