Difficile dire cosa non va. Possono essere le lampade di partenza "sfortunate" o qualche mammuth che non fa contatto bene (succede quando la vite preme il filo a monte, nella parte isolata invece che nuda).
Di sicuro, è la prima volta che lo leggo. Il circuito dovrebbe fare esattamente le stesse cose nei due casi (infatti ha senso passare ai ballast fai da te se si hanno i reattori ferromeccanici, non gli elettronici).
Io avevo un reattore ferromeccanici + starter, passai ad un ballast elettronico "vero" (tipo il tuo) e "a occhio" guadagnai qualcosina in più di luce, poi, dopo che un temporale bruciò il ballast electronico, passai ai ballast fai da te senza notare differenze o diminuzione di luce.
Verifica con un voltmetro che entrambi i lati di ciascun neon siano alimentati (ma occhio ai corti).