Partiamo con ordine:
- come hai ben detto se ci sono NO3 alti significa che il ciclo dell'Azoto è partito, in ogni caso gli NO3 vanno abbassati con le piante e con i cambi ... in questo caso
continuerei a fare cambi acqua fino ad abbassare gli NO3 a valori accettabili, anche se normalmente in maturazione i cambi non si fanno, non è questo il caso
- sei certo di aver lavato bene le pietre e che non ci sia rimasta terra ? (magari "inquinata" di NO3 e/o fertilizzante Ammoniacale ... è solo un ipotesi anche se remota)
- a naso, se hai avuto una esplosione batterica, il tutto è dovuto anche a questo, molto materiale organico che si sta decomponendo e che ti sta facendo lavorare il filtro più di quanto possibile (quindi hai anche NO2 alti)
Sarebbe interessante misurare i PO4 per verificare se il tutto è di origine organica (ma forse è uno spreco comprare il test per questo visto che non è un plantacquario) e gli NH3/4+ ... quest'ultimo potrebbe esserti utile anche per quando inserirai i pesci.
Concordo sul fatto di rifare delle misurazioni con altri test, fatti un giro nei negozi e vedi chi te li farebbe (meglio più di uno)
Dimenticavo ... togli l'aeratore che serve a poco e dirigi l'uscita del filtro verso il pelo acqua in modo da smuoverlo ... vista la situazione ossigeni molto meglio
ps. non prendertela per la domanda "strana" ... non è che per caso hai messo le piante in vasca con tutta la spugna di mantenimento ?