Ciao!
Non dovrebbero esserci controindicazioni nel posizionare i vari fondi e nel riempire qualche giorno dopo, non credo perda di efficacia
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L'unica cosa che dovresti fare nello stesso giorno è la piantumazione ed il riempimento dell'acquario. Le piante sono molto sensibili e potrebbero non farcela se fai passare i giorni (in realtà se riesci a tenere giusta umidità e temperatura all'interno possono anche sopravvivere, ma non ne so molto ed è complicato, non mi sbilancio).
Il mio consiglio è di farti prima un'idea dell'allestimento in generale e di quali piante vorresti inserire e poi iniziare tutto con calma. Magari ti programmi una giornata per piantumare e riempire (considera che puoi inserirle ad acquario pieno, anche se è più "scomodo").
Si il quarzo/sabbia lavalo sempre prima.