Se realizzassi un sistema di uscita dal filtro "allungato" potresti ovviare al problema, con gomiti e tubi rigidi opportunamente forati potresti assicurare una buona circolazione dell'acqua....però con un acquario aperto sarebbe difficile da mimetizzare.
Oppure potresti utilizzare due filtri alle due estremità, naturalmente con due uscite...
Per l'allestimento dipende se l'acquario lo vedi normalmente da tutte e due le parti o da una sola.....