Io il filtro lo terrei per qulache giorno, magari caricato a carbone fino a che l'acqua non torna limpida (proprio perchè hai fatto casino con la milliput e così hai anche un esempio di quando desrve usare il carbone
). Poi lo togli.
La fase algale parte quando dai la luce, farla subito o dopo un mese di buio cambia niente, a parte che ci metti un mese di più.
Considerando che sei partito con rocce morte, secondo me, va bene dosare i batteri, ma ora mi fermerei, aspetta e vedi l'evoluzione della vasca. interverrai solo se necessario.