[ilVanni]

Puoi pulirla fuori dalla vasca (con delicatezza), sciacquarla bene e poi versarci acqua ossigenata (quella per disinfettare le ferite), lasci agire qualche minuto e sciacqui ancora. Evita di trattare le radici, e comunque molte piante ne soffrono (il ceratophillum perde le foglie, ad esempio).

Una alternativa è la cura del buio: 3 - 5 gg di buio dovrebbero eliminare i cianobatteri (evita possibilmente anche la luce ambiente, oscurando la vasca. Non serve il buio pesto, ma una vasca non illuminata è necessaria.
Alcuni, oltre al buio, trattano le parti colpite con acqua ossigenata siringata direttamente sulle parti interessate, in vasca a filtro spento (rigorosamente), seguito da cospicuo cambio d'acqua dopo 30 minuti, prima di riaccendere il filtro. In questo caso la controindicazione è la decimazione dei batteri nitrificanti del filtro, con conseguente possibile picco di nitriti (in pratica c'è il rischio di una nuova maturazione), quindi è l'estrema ratio (meglio lasciare il tentativo per i casi veramente insolubili, ma non mi pare il tuo caso).