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direi che se le rocce sono state reinoculate con batteri e hai aggiunto nuove rocce vive ci sono buone speranze che con almeno 6 mesi di tempo qualcosa cominci a girare a dovere.
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Quello che a me preoccupa di più è la morte della fauna bentonica (vermi, ofiurie, anfipodi...) a seguito della "catastrofe"; temo che la "rinascita" della suddetta sarà cosa lunga.
Per un buon funzionamento della vasca, a mio avviso, dovrai attendere molto tempo (anche più di 6 mesi!) prima di pensare di inserire pesci o gamberi o paguri, che si papperebbero tutto...