Se per un mese hai tenuto due filtri in contemporanea e questo era al massimo ed è andato tutto bene.. togliendo un filtro hai cmq meno ricircolo e nn vedo perchè abbassare ora la portata  

   ovviamente si, riducendo la portata la pompa un pò sforza ma è normalmente tollerato se nn chiudi troppo.
Per il discorso batteri.. c'è una scuola di pensiero in effetti che dice che a flusso rallentato funzioni meglio il filtraggio e la riproduzione dei batteri.. però c'è anche chi dice il contrario  
 
Da quanti l/h era la pompa del filtro interno e da quanti è quello di adesso ?