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il problema e' che anche dopo due anni che lavorano in parallelo meta' dei batteri (beh.. che sia un quarto, un terzo o meta' non lo saprei dire) rimangono nel filtro che viene tolto.. e questo e' un problema.

non volendo spostare i cannolicchi dal vecchio al nuovo (ma perche'?) io farei cosi':
una settimana in parallelo, quindi toglierei il filtraggio meccanico dal vecchio filtro.
un'altra settimana, quindi toglierei un quarto dei cannolicchi
un'altra settimana e toglierei un terzo dei cannolicchi rimasti
un'altra settimana e via meta' dei cannolicchi rimasti
dopo un'altra settimana toglierei tutto.

se anche ti tornassero in vasca le "schifezze" che hai nel filtro non ci sono problemi. anzi. quelle "schifezze" sono colonie batteriche molto attive, in genere.
vero, ci vuole un sacco di tempo, ma almeno si va sul sicuro (specie se la vasca e' fortemente popolata).
se proprio si vuole fare piu' in fretta.. almeno rimuovere i cannolicchi in due tranches credo sia il minimo, per stare tranquilli.