a mio avviso la scelta ideale sarebbe che aggiungi l'esterno, per qualche settimana lo lasci girare insieme a quello attuale, dopo di che togli l'interno. In questo caso non servirebbe aggiungere batteri.
In alternativa puoi togliere il filtro interno, metti il materiale filtrante vecchio nel nuovo filtro esterno, e fai girare solo quest'ultimo. Magari gli dai una mano con i batteri...
Io sarei per la prima soluzione. L'acquario da quanto tempo gira? se gira da molto allora penso che vada bene anche la seconda
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