Mah.. io in 2 anni e mezzo nn ho mai toccato le spugne.. cambio solo la lana sopra... visto il filtro che hai cmq è abbastanza facile che tu abbia questi problemi avendo solo spugne... al max strizzerei solo quella che aspira la sporcizia grossolana e lascerei stare il resto.. la melma, lo "le impurità" di un acquario son batteri.. è vita.
Anche il fondo diventa un pò un secondo filtro dove si insediano colonie di batteri e andrebbe toccato meno possibile, se per "sassolini" intendi quelli decorativi è un pò diverso.. ma nn vedo cmq necessaria una pulizia generale come fosse una casa
La trasformazione la fai quando vuoi.. se per togliere le piante finte temi di smuovere troppo fondo ecc, secondo me puoi farla prima di pulire il filtro meccanico e pulirlo dopo che tutto si è ridepositato.