Scusa ma non ho ben capito quale sia il tuo dubbio.
Sicuramente l'insediamento dei batteri all'interno del materiale filtrante biologico avviene diciamo "meglio" con un passaggio lento piuttosto che veloce.
Quindi una pompa da 1000 lt/h in una vasca da 100lt è assolutamente sproporzionata, non troppo per la corrente creata ma per il problema che ti ho evidenziato sopra.