Rifare il fondo in un acquario avviato è possibile, anche se è un'operazione piuttosto stressante per gli ospiti e bisogna usare qualche accorgimento.
Io l'ho fatto (con un acquario piccolo), se vuoi leggiti il mio post:
http://acquariofilia.biz/viewtopic.php?p=444962
Credo comunque che i pesci e le piante tu le debba necessariamente spostare per almeno qualche ora.