Ciao Carlo.
La lastra è meglio toglierla; ne guadagni sia dal punto di vista dell'illuminazione che da quello dell'ossigenazione dell'acqua.
Per la pulizia dei vetri le calamite possono andar bene... devi solo stare attento a tenerle sempre ben pulite! Se vuoi usare la lana di perlon puoi farlo tranquillamente: dovrai solo strofinare un po' di più
Quello della roccia viva non è un problema gravissimo. è vero che è meglio utilizzare rocce leggere e porose ma anche rocce massive (come quella da te descritta) offrono un buon substrato per i batteri riducenti. Il tuo aver aggiunto altre rocce più porose, inoltre, riequilibra sicuramente il sistema. Se seguirai una giusta maturazione non avrei problemi di sorta!