Secondo me il cambio ti conviene farlo prima di spostarli, così travasi anche acqua più pulita.
Per il resto non ho capito bene il motivo di questa situazione, se rifai la vasca per i ciano... bhe, penseri prima a capire i motivi della loro comparsa, se è per qualche epidemia allora è un altro conto.
Se vuoi ammazzare tutto metti le rocce al sole e le fai seccare, tieni presente che poi riavvii una vasca con rocce morte, magari valuterei l'idea di affincarci qualche roccetta nuova presa in negozio tanto per aiutare la colonizzazzione batterica.
Se invece dei solo rifare la rocciata e "ripulire qualche roccia" allora quelle sane tienile a mollo in un catino con acqua della vasca, pompa/aereatore e riscaldatore.
Spero di esserti stato d'aiuto.