Onestamente io sono ancora inesperto ma non ho capito bene che tipo di filtro hai e le fasi con cui hai allestito l'acquario.. il filtro e l'acquario da quanto tempo è avviato?
Hai inserito immediatamente i pesci?????
Per quello che ne so io, bisognerebbe aspettare almeno 1 mese prima di inserire qualsiasi pesce per essere sicuri che il filtro sia maturato, ma a quanto ho capito la tua situazione è un pò diversa, quindi a questo punto è veramente difficile consigliarti quale sia la cosa più giusta da fare;
Onestamente se un eventuale ciclo biologico si è avviato, cambiare il fondale, la ghiaia, adesso, diventerebbe solo dannoso, quindi io lascerei quella colorata, che alla fine è il minore dei mali;
Piuttosto mi procurerei delle piante a crescita rapida, e a seconda di quanta luce hai, piante che vivono con poca luce.. ...a proposito che tipo di luce hai nell'acquario?
La radice che hai detto è una vera radice o è artificiale???
Comunque nel caso per mettere le piante e allestire non devi svuotare necessariamente la vasca, io ho riallestito la mia vasca con oltre metà dell'acqua, (poi nel caso che i valori dell'acqua siano ok togliendo troppa acqua provocheresti solo un danno) nel caso il problema è che dovresti togliere i pesci nel caso tu smuova troppo ghiaino e altro, per evitare loro stress, ma se riesci a piantumare con una pinza senza fare grandi movimenti penso tu possa farlo anche avendo i pesci all'interno;
Comunque prendi i miei consigli con le "pinze" primo perchè anch'io sono all'inizio, e secondo perchè non ho capito esattamente in che situazione sei, non conoscendo i tempi utilizzati nell'avvio della vasca, le condizioni dei pesci.. e sopratutto i valori che hai nell'acquario, quindi Ph, kH, nitriti, nitrati ecc.. hai fatto qualche test all'acqua???
Comunque spero che tu possa ricavare una bella vasca, anche se come ti hanno già detto i pesci rossi sono i meno adatti a stare in vasche di quelle dimensioni, so che purtroppo è molto diffusa l'errata abitudine di tenere il pesce rosso nella boccia, ma è veramente il pesce meno adatto a stare in piccoli spazi perchè soffre ed è un pesce che cresce molto, quindi magari potresti pensare se andare veramente avanti con questi pesci, o se il mondo dell'acquariofilia ti appassiona, darli via o liberarli in un laghetto e ricominciare da capo con l'acquario che hai, ma allestendolo nel modo più naturale possibile e puntando su pesci più adatti alla tua vasca (comunque la ghiaia è l'ultimo dei mali ..quella puoi lasciarla!) ..vedi te cosa fare, in ogni caso se hai altri dettagli sulla tua attuale situazione facci sapere :)