[Abra]

Quante rocce hai ? perchè senza saperlo non si può consigliare nulla,nel senso che se ne hai poche e non sono sufficenti,per togliere i nitrati ti trovi valori ben più gravi tipo nitriti dati da una insufficente filtrazione biologica da parte delle rocce.
Detto questo se le rocce sono sufficenti,se il movimento la luce e lo skimmer sono proporzionati....non vedo difficoltà nel togliere il filtro biologico, non farlo tutto in una volta,ma fallo in più tempi in modo da dare al sistema il tempo di abituarsi.