A mio parere, in questi casi, il problema può essere che l'acqua stagnante nel filtro può inquinarsi più di quella in vasca in quanto nel filtro c'è un concentrato di schifezze sui materiali di filtraggio meccanico in una capacità limitata . In condizioni di funzionamento normale del filtro i prodotti di decomposizione di tali schifezze possono essere cibo buono per i batteri, ma in acqua stagnante possono generare ammoniaca in eccesso.
Quindi io direi, prima di riavviare il filtro, di pulire/sostituire i materiali di filtraggio meccanico.
Poi far funzionare il filtro per un po' facendo buttare la mandata in un recipiente esterno all'acquario in modo da eliminare l'acqua contenuta nel filtro, quindi rimettere tutto a posto ripristinando il livello in vasca che così avrà anche una buona percentuale di acqua pulita nuova.
Ovviamente non è il caso di fare tutto ciò se il black-out è stato solo di 5/6ore, ma 12 cominciano, forse, ad essere tantine
D'altronde mi viene in mente quell'utente, che per anni, avendo l'acquario in camera da letto, spegneva ogni sera il filtro perchè non facesse rumore e lo riaccendeva al mattino
