Il mio consiglio è semplicemente quello di non strafare...mica per niente, però magari vai a pagare 400€ in più di meccanismi e particolarità che magari ci metterai due anni ad apprezzare bene ed a quel punto potresti dire "ah cavolo però adesso sta macchina è vecchia e l'ho appena imparata ad usare"... secondo il mio modesto parere, se non hai mai avuto a che fare con una reflex, dovresti prendere una macchina a metà strada tra una professionale ed una entry level, per il semplice fatto che così non hai una macchina limitante ma neanche una che ci vuole una scienza apposta per comprenderla...la cosa migliore, come stai già facendo, è di scegliere sull'usato qualcosa che ti soddisfi, senza pensare al "già che ci sono prendo il meglio", perchè poi magari va a finire che non te la godi...
Secondo me tra le opzioni che hai detto resterei sul segmento D90 se parliamo di Nikon o 30D/40D o 60D andando più sul nuovo, se parliamo di Canon, già il livello D7000 mi sembra eccessivo (ma ripeto che non conosco il modello)...ah, non dimenticare che ci sono anche altre marche, però su queste non posso consigliarti...
Mi sa che macro come quelle col mesoscopio è mooolto difficile farle pure con un buon obiettivo macro...