Credo che la situazione normale sia quella con portata maggiore e, probabilmente, i momenti di portata minore sono dovuti ad intasamento della parte meccanica del filtro e/o delle bocchette di aspirazione del filtro stesso.
Sono ipotesi, quindi, se giā non le hai fatte, fai queste opere di manutenzione e ci risentiamo
PS: riesci a vedere il livello acqua nel vano pompa?
PPSS: acquario
appena avviato da quanto?