Riempi il vano finché ci stanno. Il resto io di solito lo mantengo nel sacchetto cercando di riuchiuderlo il meglio possibile. Personalmente la spugna la uso in fondo al contenitore.
Certo la membrana devi toglierla dal sacchetto

forse hai confuso il fatto che va stoccata nel suo sacchetto! Infatti nella confezione è leggermente umida e se si dovesse asciugare sarebbe compromesso il funzionamento.
Comunque se tu l'hai tolta dal sacchetto, inserita nel vessel e riempita d'acqua (mettendo in moto l'impianto) puoi stare più che tranquillo.