Bel casino.... mai capitata una cosa simile nemmeno quando avevo dismesso la mia vecchia vasca e avevo lasciato le rocce in ammollo per mesi....
A mio parere prima di considerarle morte dovresti subito buttare l'acqua e sostituirla con acqua nuova, rimettere in circolo la pompa per farle spurgare per bene e magari dargli pure un po' di luce (al massimo le alghe se ne andranno nel periodo di maturazione della prossima vasca... lo vedo come ultimo dei problemi a questo punto.
Non coprirle piu' le rocce, io le avevo lasciate 6 mesi solo con una pompettina giusto per muovere l'acqua ma erano completamente scoperte e lo scambio gassoso era piu' che garantito. Non so quanto fosse grande la tua fessura per l'areazione, ma e' sicuramente troppo piccola dato che si e' otturata.
Aspetterei per ora ad introdurre qualcosa di chimico (batteri o quant'altro)....
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