Credo che il pescare in acqua libera invece che dal sottosabbia si possa fare.
Alla bocca di aspirazione però sarà necessario mettere un qualcosa che impedisca l'aspirazione di pesci e detriti grandi che, tra il resto, bloccherebbero la pompa.
Nei filtri normali nella pompa scorre acqua filtrata, pulita, qui invece, facendo come hai detto, l'acqua arriva alla pompa sporca (ed è il motivo del sottosabbia che funge da prefiltro).
Quindi la bocca di aspirazione dovrai annegarla in un blocco di spugna che funzionerà da prefiltro
Oppure lasci tutto come da progetto ed usi il sottosabbia (e rimandi le modifiche a quando e se il sottosabbia si sarà intasato), non mi è chiaro che fastidio ti da
