Ciao!
Prima cosa, ottime misure per partire con un malawi!
Per niente ottimo avere già allestito col substrato, devi toglierlo o ti ritrovi tutto il fertilizzante in colonna e rischi grosso. Poi se sopra hai messo ghiaia non è per niente adatta in quanto serve la sabbia fine. puoi usare quella ad uso edile (si chiama vagliata di fiume) di color grigio, è ottima e costa molto poco.
Il tappettino sarebbe utile, special modo se hai intenzione di inserire mbuna che abbisognano di grandi quantitativi di rocce, rischi che i pesci scavando smuovano le rocce. Infatti si usa poggiare le rocce di base sul tappetino e poi si stende attorno la sabbia.
Le rocce calcaree ti aiuteranno con i valori dell'acqua ma anche la sabbia edile è calcarea e sarebbe ottima per risolvere il tuo problema di valori bassi, dovresti arrivare a tenere un Ph maggiore di 7,5
La radice rilascia colore/tannini? che tipo di legno è?