[Mumax]

Dico la mia.
Con un DSB fatto per bene non avresti questo tipo di problemi neanche in caso di sovralimentazione. Nel tuo caso il fondo è alto solo 8 cm. Questo vuol dire che sei proprio al limite per una funzionalità ottimale del sistema. Nel caso in cui le pompe di movimento o gli animali spostino la sabbia riducendo ulteriormente lo spessore, in quei punti inattiveresti il fondo trasformandolo in un filtro biologico. Da qui i nitrati e una generale riduzione dell'efficacia del metodo. Ovviamente è solo una possibilità, ma ti conviene verificarla.
Altra ipotesi potrebbe essere la granulometria della sabbia, così ad occhio sembra abbastanza grossolana. In questo caso gli 8 cm sarebbero assolutamente insufficienti e tu ti ritroveresti con un bel biologico gigante. Ma dalle foto non è chiarissimo.