Il collegamento tra le vasche/sezioni di vasca si può anche fare con tubi ad U rovesciati (sifoni) e mettendo l'aspirazione del filtro nell'ultima vasca e il ritorno nella prima.
Se le vasche sono separate è necessario porre attenzione che, in caso di disinnesco o intasamento di un sifone, vi sarà la possibilità di abbassamento del livello nell'ultima vasca e trabocco della prima. Non è impossibile risolvere, ad esempio mettendo un sensore di livello che in tal caso stacchi la pompa oppure mettendo l'aspirazione nell'ultima vasca vicina alla superficie in modo da limitare la quantità di acqua riversata nella prima vasca (in questo caso però c'è il rischio di bruciare la pompa che funzionerà a secco).
Il rischio esiste anche se si forano le vasche in quanto nei fori si dovranno mettere griglie o spugne, per evitare la migrazione degli animali, ed anche queste si possono intasare.
Tale problema può non esistere nel caso di vasca unica suddivisa se si ha l'accortezza di mantenere le paratie interne più basse dei vetri periferici
