Non preoccuparti è normale il tuo filtro è in fase di maturazione è normale che i valori siano alti.
2 settimane sono poche per metterci i pesci il filtro deve maturare, ci vogliono almeno 25
gg.
Non è colpa della radice (forse era meglio bollirla, forse era già trattata), è normale che si sia formata quella muffa.
Se la pietra è in resina è inutile bollirla, non influisce minimamente con i valori dell'acqua, basta lavarla con un pò di acqua corrente e poi si può mettere in acquario.
Per me puoi rimettere la radice e la pietra di resina, il cambio d'acqua io l'avrei evitato.