più che altro sei andato contro " la chiesa" come si dice qui a Napoli :P
Il filtro non va mai toccato, la robaccia di cui ti sei disfatta non erano altro che i batteri che dovevano completarti il ciclo del'azoto

..
Diciamo che puoi risolvere parecchi problemi seguendo queste regole :
1) il filtro va pulito 1 volta al mese ( esagerando) e per pulire si intende lavare solo la spugna/lana che sta all'inizio... se si intasa puoi procedere con lo spazzolino solo nei tubi, il fondo del filtro si alscia com'è :P
2) quando cambi l'acqua devi sifonare il fondo dell'acquario, altrimenti ti si accumulano cacca, cibo e altri resti organici che ti creano solo problemi...
3) quando fai il cambio l'acqua mettila in vasca e non nel filtro, alzeresti troppa melma e insudici l'acquario...
4) per le malattie non ti affidare a metodi caserecci, cioè curare l'ichtyo con il sale provoca stress alle piante, conviene cheidere prima qui sul forum e affidarsi a riemdi piu sicuri :)
Per arrivare ad una situazione più decente puoi seguire due vie :
1) porti i pesci al negoziante e riallestisci tutto, quindi dovrai aspettare i 25

per il picco e a quel punto riinserisci i pesci....
2) procedi ad un cambio di acqua del 50% sifonando per bene il fondo.... e inserisci i batteri nel filtro per far riformare le colonie batteriche ormai decimate..
La prima sarebbe la piu giusta da seguire :)