Se metti uno strato di 3/4cm di ghiaino questo non dovrebbe succedere.
Ma una curiosità. Li hai mischiati il fondo ed il ghiaino??Spero che tu li abbia messi a strati, se così fosse non vedo qual'è il problema,visto che non c'è niente da separare.
Togli pian piano il ghiaino e quando arrivi al fondo fertile ti fermi e ricopri tutto col nuovo ghiaino di quarzo nero, poi se rimane qualche ciottolo non fa nulla.
Cmq per le piante che devi mettere un bel secchiello da 5kg di floradepot della sera direi che va più che bene e costa poca
Se decidi quindi di smantellare e rifare occhio al filtro, cerca di mantenerlo attivo.