Slee, se anche riuscissi ad "invasare" una piantina (es. una crypto), non è detto che le radici riescano a stare sempre dentro il vaso: crescendo hanno ovviamente la tendenza ad uscire fuori dal sacchetto o dal vaso in cui inizialmente le avresti messe. E comunque io l'idea di utilizzare dei vasi l'avevo avuta quando volevo riallestire la vasca per dei pesci rossi, semplicemente perchè volevo periodicamente estrarli dalla vasca con tutto il vaso per effettuare le operazioni di pulizia (sifonamento), l'igiene per un acquario di carassi in particolare è importantissima.
Se decidi di usare questo sistema puoi interrare nel vaso, all'occorrenza una pasticca di fertilizzante, invece del fondo fertile, che sarebbe un pasticcio.
Io avevo pensato di usare dei vasi di terracotta rettangolari e di appiccicarci col silicone lo stesso ghiaietto che avrei usato per il fondo, per questioni estetiche, così si sarebbero mimetizzati meglio
In generale, se prevedi di inserire piante che hanno un grosso apparato radicale (io per esempio ho un sacco di crypto, che per quanto siano piante robuste, hanno tantissime radici), lo strato di fondo fertile serve, altrimenti se vuoi fare una vasca con prevalenza di epifite e poche piante radicate robuste (vallisneria, qualche crypto), puoi usare all'occorrenza qualche pasticca