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Molte specie di cianobatteri d'acqua dolce sintetizzano come metaboliti secondari una notevole quantità di composti tossici. Questi nel loro insieme vengono indicati come cianotossine.
Molto, comunque, dipende dalle specie che hai in vasca e da fattori come la temperatura, il fotoperiodo, il rapporto N/P, etc, che possono influire sulle quantità prodotte di questi composti tossici.
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