Si si dovrebbero alzare..il mio dubbio viene dal fatto del valore degli no3..5 mg/l in un acquario così popolato mi sembra un valore ottimistico.
Se hai smosso un pò il fondo non credo possa causare danni..
innanzitutto calma..
Il filtro non lo toccare per ora.Se i puntini bianchi sono presenti alza la temperatura a 30 gradi per un pò e se non migliora passa alla cura.
La soluzione migliore secondo me rimane sempre togliere i pesci in eccesso e far stabilizzare la situazione